（1）对消化不良首先应弄清病因，再给与药物治疗。对由于精神因素尤其者应予以解释和安慰，必要时口服地西泮(安定)，1次2.5～5mg。胃肠器质疾病引起的消化不良在多是一些慢性疾病，常难于在短时间治愈，因此，改变不良的饮食起居，改善消化机能及提高患者的营养状况，亦有利于本病的治疗。
（2）改善及提高患者的营养状况，规律饮食，营养全面，对缺乏锌、铁的儿童及时补充锌、铁元素。
（3）对由于慢性胃炎、胃溃疡、十二指肠炎等导致的消化不良，可口服抗酸药和胃黏膜保护药；对伴有腹部疼痛、发热、尿色深等症状可能意味患有慢性胆囊炎、胃溃疡或肝炎，医院就医。
（4）药物治疗。对消化不良尽管都是一些对症治疗，也需给予足够的重视。
常用的药物有4类：
①增加食欲药：口服维生素B1、维生素B6，1次10mg，1日3次；或口服干酵母片1次0.5～2g，1日3～4次。也可选用中成药如香砂积术丸1次10g，1日2次。人参健脾蜜丸1次2丸，1日2次；水丸1次4g，1日2次。保合丸1次6g，1日2次。
②助消化药：可选用胰酶片、干酵母、乳酶生、胃蛋白酶合剂、多酶片等。中成药选用大山楂丸(冲剂)，其可开胃消食，用于食欲不振，消化不良，脘腹胀闷。口服，蜜丸1次1～2丸，1日1～3丸；冲剂，1次15g，1日3次，小儿酌减。
一旦病人是功能性消化不良的问题的时候，那么应该在医生的指导下使用药物去治疗了。一旦病人是一种痛秘型肠易激综合征的时候，这时候病人不仅仅有腹痛的症状，而且还有便秘的症状和腹胀的症状，可以用口服六味安消散去治疗。
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